Un agent public en arrêt maladie ne bascule pas automatiquement sous le même régime qu’un salarié du privé. La fonction publique distingue trois congés selon la gravité et la durée de la maladie : le congé de maladie ordinaire, le congé de longue maladie et le congé de longue durée. Chacun obéit à ses propres règles de durée et de rémunération, et le statut de l’agent, titulaire ou contractuel, change encore la donne.
Depuis mars 2025, un décret a modifié en profondeur le calcul de l’indemnisation du congé de maladie ordinaire. Beaucoup de ressources en ligne datent d’avant cette réforme et affichent encore des taux périmés. Ce guide s’appuie sur les règles en vigueur en 2026, versant par versant, pour que chaque agent sache exactement à quoi s’attendre.
- Comment fonctionne l’arrêt maladie dans la fonction publique ?
- Le congé de maladie ordinaire (CMO) : durée et décompte des droits
- Le jour de carence : ce qu’il faut retenir
- Le congé de longue maladie (CLM) : pour les affections qui s’installent
- Le congé de longue durée (CLD) : la protection maximale
- CMO, CLM, CLD : le tableau de synthèse
- Titulaires et contractuels : deux régimes vraiment différents ?
- Après l’arrêt : démarches, contrôle et reprise
Comment fonctionne l’arrêt maladie dans la fonction publique ?
Un agent public malade relève, par défaut, du congé de maladie ordinaire : sur un an au total, les trois premiers mois sont couverts à 90 % du traitement, puis à moitié traitement pour le reste de l’année, avec un jour de carence non payé au début de l’arrêt. Si la maladie est grave et durable, l’agent peut basculer vers un congé de longue maladie, jusqu’à trois ans, ou vers un congé de longue durée réservé à cinq catégories d’affections précises, jusqu’à cinq ans. Les contractuels suivent un régime hybride, calé sur celui des titulaires mais avec une part versée par la Sécurité sociale.
Ces trois congés ne se cumulent pas au hasard : ils forment une gradation. Le CMO couvre l’arrêt classique, le CLM prend le relais quand la pathologie exige un traitement prolongé, et le CLD ne s’applique qu’à des maladies lourdes et listées. Quel que soit son employeur public, l’agent relève des mêmes grands équilibres.
Le choix du régime n’appartient pas à l’agent seul. Le médecin traitant établit le certificat initial, mais c’est l’administration, éclairée le cas échéant par un avis du conseil médical, qui valide le basculement vers un CLM ou un CLD. Cette orientation a des conséquences concrètes bien au-delà du seul montant du traitement : elle détermine la façon dont le poste de l’agent est géré pendant son absence, et le rythme auquel ses droits se reconstituent une fois la reprise effective.
Ce guide traite exclusivement de la maladie sans lien avec le travail. Un arrêt provoqué par un accident de service ou une maladie professionnelle relève d’un dispositif distinct, le CITIS, avec un maintien intégral du traitement dès le premier jour : les règles de rémunération dégressive décrites ci-dessous ne s’y appliquent pas.
Le congé de maladie ordinaire (CMO) : durée et décompte des droits
Le congé de maladie ordinaire est le régime par défaut de tout agent public malade, quel que soit son grade ou sa fonction. Il est plafonné à un an sur une période de douze mois consécutifs. Passé ce délai, l’agent doit être orienté vers un autre dispositif, une reprise à temps partiel thérapeutique, une mise en disponibilité, voire une procédure de reclassement ou de retraite pour invalidité.
La rémunération a changé en profondeur avec le décret n° 2025-197 de mars 2025. Avant cette réforme, l’agent percevait 100 % de son traitement pendant les trois premiers mois. Ce n’est plus le cas : depuis mars 2025, le CMO est rémunéré à 90 % du traitement indiciaire brut pendant les trois premiers mois, puis à 50 % pendant les neuf mois suivants. Cette règle s’applique de la même manière dans les trois versants de la fonction publique, État, territoriale et hospitalière.
Cette réforme a suscité de vives réactions dans les organisations syndicales au moment de sa publication, précisément parce qu’elle réduit l’écart avec le régime du secteur privé qu’elle était censée rapprocher, sans pour autant l’aligner totalement. Un agent en arrêt long, sur une pathologie qui ne relève pas des critères du CLM ou du CLD, voit donc sa perte de revenu s’accentuer nettement après le troisième mois, ce qui pousse de nombreux services de ressources humaines à envisager plus tôt qu’avant un basculement vers un régime plus favorable.
Le décompte des droits sur ce régime surprend souvent : ce n’est pas un compteur qui se remet à zéro chaque année civile, comme le rappelle la fiche officielle du service public sur le congé maladie, mais d’un calcul glissant sur les 365 jours qui précèdent chaque nouvel arrêt. Sur cette période glissante, l’agent dispose de 90 jours à 90 % de rémunération et de 270 jours à 50 %, soit un total de 360 jours indemnisés au maximum sur l’année écoulée.
Prenons un exemple en jours pour rendre ce mécanisme concret. Un agent qui a déjà été arrêté 60 jours dans les douze derniers mois, tous rémunérés à 90 %, ne dispose plus que de 30 jours à 90 % avant de basculer sur la tranche à 50 % pour un nouvel arrêt. S’il avait déjà consommé la totalité de ses 90 jours à 90 %, son nouvel arrêt démarrerait directement au taux de 50 %, et ce jusqu’à épuisement des 270 jours restants sur la fenêtre glissante. Chaque arrêt vient donc s’insérer dans un historique de 365 jours, pas dans un compteur annuel remis à plat au 1er janvier.
Ce mode de calcul glissant explique pourquoi deux agents arrêtés à la même date, pour la même durée, peuvent percevoir des sommes très différentes. Tout dépend de leur historique d’arrêts sur l’année précédente. Un agent qui n’a pris aucun arrêt depuis plus d’un an repart avec l’intégralité de ses droits, tandis qu’un collègue régulièrement arrêté peut se retrouver directement au taux de 50 %, dès le premier jour indemnisé de son nouvel arrêt. Vérifier son solde de jours auprès du service des ressources humaines, avant même de savoir combien de temps durera l’arrêt à venir, donne une idée fiable de l’impact réel sur le salaire du mois.
Ce qu’on oublie souvent : la période passée en congé de maladie ordinaire compte comme du service effectif pour le calcul de l’ancienneté et des droits à avancement d’échelon. L’agent continue donc de progresser dans sa grille, même arrêté, ce qui distingue nettement ce régime d’une simple suspension de carrière.
Le jour de carence : ce qu’il faut retenir
Le premier jour de chaque arrêt de maladie ordinaire n’est pas rémunéré : c’est le jour de carence. Ce délai de carence en arrêt maladie connaît des exceptions, en particulier en cas de prolongation d’un même arrêt ou d’affection de longue durée. Ces situations particulières répondent à des règles précises qu’il vaut mieux vérifier avant de déclarer un arrêt qui prolonge le précédent.
Le congé de longue maladie (CLM) : pour les affections qui s’installent
Quand une maladie met l’agent hors d’état d’exercer ses fonctions durablement et nécessite un traitement prolongé, le médecin peut orienter le dossier vers un congé de longue maladie, sans attendre que le compteur du CMO ne s’épuise. Ce régime s’accorde par périodes de trois à six mois, renouvelables, pour une durée totale plafonnée à trois ans.
La demande peut venir de l’agent lui-même, sur avis de son médecin traitant, ou être initiée par l’administration lorsqu’elle constate qu’un arrêt en CMO se prolonge sans perspective de reprise rapide. Dans les deux cas, le dossier médical est soumis pour avis au conseil médical, qui vérifie que la pathologie correspond bien aux critères d’un CLM et qui se prononce à chaque renouvellement de période.
La rémunération y est nettement plus favorable que celle du CMO sur la durée : 100 % du traitement, calculé sur la grille indiciaire de l’agent, pendant la première année, puis 60 % pendant les deux années suivantes. L’indemnité de résidence et le supplément familial de traitement, eux, restent versés à 100 % pendant toute la durée du CLM, quel que soit le taux appliqué au traitement de base.
Sur le plan du poste, le placement en CLM a une conséquence que beaucoup d’agents découvrent tardivement : au-delà d’un an de congé, l’administration peut être amenée à pourvoir le poste par un autre agent, en position de détachement ou de recrutement temporaire. L’agent en CLM conserve son emploi statutaire et son droit à réintégration, mais pas nécessairement le poste exact qu’il occupait avant son arrêt.
Le CLM entre également en compte dans la constitution des droits à pension. Les périodes passées à ce titre, comme le détaille la fiche officielle sur le congé de longue maladie, continuent de générer des trimestres pour la retraite, au même titre qu’une période travaillée, ce qui rassure souvent les agents inquiets de voir leur carrière ralentie par une maladie longue.
Un même agent peut solliciter un nouveau CLM après une période de reprise effective des fonctions d’au moins un an. Sans cette reprise d’un an, l’administration considère qu’il s’agit d’une prolongation de l’épisode précédent, et non d’un nouveau congé ouvrant de nouveaux droits.
Le congé de longue durée (CLD) : la protection maximale
Le congé de longue durée est le filet de sécurité le plus protecteur du statut, mais il n’est pas accessible pour n’importe quelle pathologie. Il est réservé à cinq catégories d’affections strictement définies : l’affection cancéreuse, le déficit immunitaire grave et acquis, la maladie mentale, la tuberculose et la poliomyélite. L’attribution passe par un avis du conseil médical, l’instance qui a remplacé l’ancien comité médical.
Appartenir à l’une de ces cinq catégories ne suffit pas à ouvrir automatiquement le droit au CLD. Le conseil médical doit constater que l’affection rend l’agent durablement incapable d’exercer ses fonctions, et non simplement qu’un diagnostic a été posé. Une pathologie cancéreuse traitée rapidement, sans arrêt prolongé, peut ainsi rester couverte par un simple CMO si l’incapacité ne justifie pas un régime plus lourd.
Sa durée maximale atteint cinq ans, rémunérés à 100 % pendant les trois premières années puis à 50 % pendant les deux dernières. Un agent ne peut bénéficier que d’un seul CLD de cinq ans par catégorie d’affection sur l’ensemble de sa carrière : le compteur ne se réinitialise pas à chaque nouvelle demande pour la même pathologie.
Contrairement au CLM, où l’agent conserve un lien plus direct avec son poste d’origine pendant la première année, le CLD entraîne presque systématiquement la vacance du poste dès le début du congé, tant sa durée prévisible est longue. Cette différence de gestion administrative pousse certains services à hésiter avant d’orienter trop vite un dossier vers le CLD, même quand l’agent y aurait objectivement droit.
Le passage du CLM au CLD est fréquent en pratique. Un agent placé en congé de longue maladie pour un cancer, par exemple, peut demander la transformation de son congé en CLD dès lors que l’avis médical confirme que l’affection relève bien de l’une des cinq catégories listées. Cette bascule permet de repartir sur un compteur de cinq ans, plus favorable que les trois ans du CLM, à condition que la demande soit formulée avant l’épuisement des droits au CLM.
CMO, CLM, CLD : le tableau de synthèse
Les trois congés obéissent à des logiques suffisamment différentes pour qu’une vue d’ensemble aide à s’y retrouver rapidement. Le tableau ci-dessous compare durée maximale, rémunération et conditions d’accès pour chaque dispositif.
| Congé | Durée maximale | Rémunération | Conditions d’accès |
|---|---|---|---|
| Congé de maladie ordinaire (CMO) | 1 an sur 12 mois glissants | 90 % pendant 3 mois puis 50 % pendant 9 mois | Tout arrêt maladie, sur certificat médical, régime par défaut |
| Congé de longue maladie (CLM) | 3 ans, par périodes de 3 à 6 mois | 100 % la 1re année puis 60 % les 2 années suivantes | Maladie grave nécessitant un traitement prolongé, avis du conseil médical |
| Congé de longue durée (CLD) | 5 ans, un seul par catégorie d’affection sur la carrière | 100 % pendant 3 ans puis 50 % pendant 2 ans | 5 catégories d’affections seulement (cancer, déficit immunitaire acquis, maladie mentale, tuberculose, poliomyélite) |
L’écart de générosité entre le CMO et les deux autres régimes saute aux yeux dans ce tableau. Un agent dont l’arrêt maladie de plus de 3 mois se prolonge pour une pathologie lourde a tout intérêt à ce que son dossier soit orienté vers un CLM ou un CLD dès que son état le justifie, plutôt que de s’en tenir à un CMO dont le taux chute à 50 % après seulement trois mois.
L’arbitrage le moins visible concerne la durée totale de protection. Un agent gravement malade qui enchaînerait un an de CMO, puis trois ans de CLM, dispose théoriquement de quatre années de couverture avant d’arriver en fin de droits. S’il relève en plus d’une des cinq catégories du CLD, ce total peut grimper jusqu’à neuf ans cumulés selon l’ordre et la nature des congés mobilisés, un horizon que peu d’agents anticipent au moment du premier arrêt.
Titulaires et contractuels : deux régimes vraiment différents ?
Le régime détaillé jusqu'ici concerne les fonctionnaires titulaires. Les agents contractuels de la fonction publique relèvent d'un texte distinct, celui qui régit le congé de maladie du contractuel, et d'un mécanisme de versement différent, même si les taux finaux se rapprochent de ceux du CMO.
Un contractuel qui justifie d'au moins quatre mois d'ancienneté est rémunéré à 90 % de son traitement pendant trois mois, puis à 50 % pendant neuf mois, exactement comme un titulaire en CMO. La différence tient au circuit de paiement : ce n'est pas l'employeur public qui verse seul cette rémunération, mais un montage à deux étages. L'employeur complète le salaire jusqu'au taux garanti, après déduction des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) que l'agent perçoit en parallèle.
Ce montage produit une double carence, souvent mal anticipée. D'un côté, l'employeur applique son propre jour de carence, identique à celui des titulaires. De l'autre, la Sécurité sociale applique ses trois jours de carence habituels avant de verser les IJSS. Le contractuel subit donc les deux mécanismes en parallèle, ce qui peut créer une période initiale sans aucun versement plus longue que celle d'un titulaire.
Pour un contractuel qui compte moins de quatre mois d'ancienneté, la situation est plus simple mais moins favorable : il ne perçoit que les IJSS de la Sécurité sociale, sans complément de l'employeur.
Les contractuels n'ont pas non plus accès à des congés strictement équivalents au CLM et au CLD des titulaires. Ils disposent de dispositifs de congé de grave maladie dont les durées et les taux diffèrent, ce qui impose de vérifier son contrat et sa convention collective : le régime des titulaires ne s'applique pas ici par défaut. L'accès au temps partiel thérapeutique, en revanche, est ouvert aux contractuels sous conditions d'ancienneté proches de celles des titulaires, ce qui atténue partiellement l'écart de protection entre les deux statuts au moment de la reprise.
Un contractuel en contrat à durée déterminée, tout comme un agent qui envisage une rupture conventionnelle dans la fonction publique, doit également garder à l'esprit que ses droits à congé maladie s'arrêtent, dans la plupart des cas, au terme du contrat en cours. Une administration n'est pas tenue de prolonger un contrat pour que l'arrêt maladie en cours puisse s'achever, sauf disposition contractuelle ou légale contraire liée à une protection spécifique.
Après l'arrêt : démarches, contrôle et reprise
L'agent doit transmettre son avis d'arrêt de travail à son administration dans un délai de 48 heures suivant l'établissement du certificat. Ce délai court, respecté ou non, conditionne le déclenchement correct du paiement et peut, en cas de retard répété, exposer l'agent à une retenue sur traitement.
En pratique, la transmission passe le plus souvent par le service des ressources humaines de la collectivité, de l'établissement ou de l'administration d'affectation, parfois via une plateforme dématérialisée selon les employeurs. Il est recommandé de conserver une preuve d'envoi, particulièrement lorsque l'arrêt initial est suivi de prolongations successives, car chaque volet doit être transmis dans le même délai.
Pour une demande de CLM ou de CLD, le dossier transmis au conseil médical dépasse le simple certificat d'arrêt : il comprend généralement un rapport détaillé du médecin traitant, les éléments du dossier médical justifiant la pathologie, et parfois une expertise complémentaire réalisée par un médecin désigné par l'administration. Cette instruction prend souvent plusieurs semaines pour cette raison, pendant lesquelles l'agent reste couvert par son régime de congé en cours.
L'administration conserve la possibilité de faire procéder à une contre-visite médicale pendant l'arrêt. Un médecin agréé, mandaté par l'employeur, peut recevoir l'agent en visite pour vérifier que l'arrêt est justifié. Un refus de s'y soumettre, sans motif valable, expose à une suspension du versement.
Au moment de la reprise, plusieurs agents choisissent un temps partiel thérapeutique. Ce dispositif permet de reprendre progressivement le poste, avec un maintien intégral de la rémunération pendant sa durée, sur prescription médicale et accord de l'administration. Il peut être demandé à l'issue d'un CMO comme d'un CLM ou d'un CLD, ce qui en fait une passerelle commune aux trois régimes.
La reprise anticipée, avant le terme prévu de l'arrêt, demeure possible sur simple initiative de l'agent, à condition d'en informer son administration. Elle ne dispense pas d'un avis médical favorable lorsque l'arrêt initial dépassait un certain seuil de durée, en particulier au retour d'un CLM ou d'un CLD, où une visite de reprise auprès du médecin du travail ou du service de médecine préventive est généralement requise avant de reprendre effectivement le poste.
Quand un agent arrive en fin de droits sans être en état de reprendre son poste, son dossier est soumis au conseil médical, qui statue sur les suites possibles : prolongation supplémentaire, mise en disponibilité pour raison de santé, reclassement professionnel ou procédure de retraite pour invalidité. Cette décision se construit au cas par cas, et mérite d'être anticipée bien avant l'échéance des droits, pas découverte au dernier mois.
